學位論文與期刊論文的常見架構以及基本要件都大同小異，主要差異是期刊論文篇幅限制很嚴，且所要求的學術貢獻（原創性）較高，所以寫作上更困難（更需要擅長「去蕪存菁」與「精準表達」的技藝）。
緣此，除非另有說明，本專欄的系列討論是以期刊論文為主，也鼓勵讀者在撰寫學位論文時多參考期刊論文，然而本專欄的討論基本上也都適用於學位論文。
此外，學術界另有學術雜誌（professional magazine）的文章（magazine article），其寫作風格與內涵跟上述兩者差距甚遠，不宜作為論文寫作的模仿對象。因此本文也將會扼要敘述「論文」（dissertation、journal paper、conference paper）與學術雜誌專文的差異。
學術文獻的種類與特性
學術文獻主要有三類：專書、論文（papers & thesis）和學術性雜誌的文章（magazine articles）。
專書的種類與屬性繁多，很難加以明確地分類並扼要地敘述其特徵。然而就本文的目的而言，只需指出一個它們的共同特徵就夠了：跟論文比起來，專書的議題通常覆蓋相當廣的範圍，而論文則通常必須有一個十分明確的課題且焦點十分集中；專書的篇幅較不受限制而且結構相對地鬆散，期刊與學術會議的論文通常會有嚴格的頁數限制，因此結構非常緊湊，甚至有一定的（極為常見的）章節架構。
光是基於前述兩個特徵，就足以推斷說：專書絕非學位論文的合適模仿對象。可惜的是，很多社會科學界的研究生只讀經典名著而不罕讀期刊論文，又不經意地模仿經典名著的架構與書寫風格，結果往往畫虎不成反類犬，寫出來的論文既沒必要地冗長，而且焦點鬆散、飄忽，只能靠著指導教授跟口試委員的交情而勉強畢業。
其次，論文主要包括期刊論文（journal paper）、學術會議論文（conference paper）和學位論文（dissertation、thesis），它們的共通特色是「以報導原創性發現為主旨」。至於學術團體所主辦的雜誌（magazine），則旨在報導學術界最新的研究發展，其中通常不包含原創性的發現。[註一]
也就是說，「原創性」是學位論文、期刊論文與學術會議論文的首要要求。[註二]
然而就像〈1.1、 議論文≠學術著作：以〈縱囚論〉為例〉所指出來的，光有原創性的觀點（發現、研究成果）是不夠的，這個觀點（發現、研究成果）還必須吻合學術著作的共通要求。較完整地說，除了「原創性」的要求之外，一份學術論文還必須力求滿足以下六種屬性：（1）主題明確地對應著學術界的某些議題（跟學術界保持緊密的對話關係），（2）從週延的觀點與可靠的證據出發，（3）經過嚴謹的論證，使得其結果經得起專業同儕的批判性檢證，（4）整篇論文的內容具有前後一致的理論性與系統性，（5）論文的陳述與論證層次井然、條理清晰而措詞明確，（6）實證科學領域通常還會再加上一個要求：其證據與結果具有在特定範圍內的可重複性，而非純屬主觀的意見（opinions）。[註三]
而一般期刊論文常見的架構，就是為了要在有限篇幅內兼顧以上七大要件而發展出來的——這個架構也是最容易學習和模仿的架構。
期刊論文與學位論文的常見架構
一般的論文通常由以下章節構成（依序）：題目、摘要、導論（簡介）、背景理論（往往會被併入導論與簡介）、研究方法與步驟、研究的結果、分析與討論，結論與對於未來研究方向的建議，最後是參考文獻的清單。
其中導論（簡介）通常會交代：本文的研究主題，這個研究主題在學術界與應用上的價值與重要性，學術界過去對這個主題髓累積的主要研究結果與不足，以及本文所要聚焦的議題與預期的貢獻。
其次，研究方法與步驟會交代本研究的基本假設（適用範圍），原始資料、數據（資料庫）、田野資料（受訪者）與實驗材料來源，原始資料（數據）或實驗材料的初步處理過程，以及產出本研究結果所採用的方法、步驟與過程。理想的目標是讓讀者可以依據你的敘述複製出你論文中所敘述、分析的所有結果。此外，你必須說服讀者（合理化）你為何採取某些假定、資料庫、試片準備程序、研究方法等（除非它們是通用的標準而沒有可以競爭的替代性方案）。
接著是結果的分析與討論，你必須將本研究最重要的結果摘要敘述，並且分析這些結果的重要意義，討論它們在學術上與實際應用上的價值（這個過程中通常會涉及跟學術界既有的最重要研究成果作比較，以凸顯本研究在成果上的優越性，或者對既有觀點、學理所能產生的重大衝擊、挑戰、修正或發展）。
這樣的架構與章節次序在理工與社會科學界極為普遍，甚至鮮少例外，原因是它最能吻合讀者（審查委員）的心理預期與思考邏輯。
以導論為例，它必須先釐清（說服讀者與審查委員）本研究主題的背景與重要性（價值），因為不具重要性的文獻就不值得浪費時間去讀；接著，重要的研究主題必然有很多人研究過，假如你無法客觀且扼要地摘述既有研究的概況與得失，就表示你跟本沒有資格在這主題上發言（有可能只是用拙劣的發現在重複早已有優質定論的議題）；最後，你必須扼要地指出本研究的特點（相較於既有研究的主要特色與貢獻），讓讀者知道該對這篇論文有何預期，也讓審查委員有審查的重點。
至於，研究方法與步驟，上述的次序就是在陳述原始材料與素材（資料）加工的過程，以便於審查委員客觀地評析這個研究方法的特色與優缺點，並且跟作者在行文過程中的自我評析作比對，以確認該研究方法是否確實有足夠的特色（優點）與機會產出足以勝過既有文獻知識的結果；同時這個敘述過程也讓有心仿效（或複核）的讀者可以「依樣畫葫蘆」地複製出論文的結果。
如果你的論文架構與章節次序有異於此，通常會遺漏掉某些該交代的資訊、證據、論證過程，或者會顯得思緒跳躍、紊亂，乃至於糾纏不清。
背景知識與批判性思考
不管是導論或結果的分析與討論中，甚至在研究方法與步驟中，都可以看得出來作者是否有能力充分掌握跟這個研究主題相關的學術界既有知識，是否有能力客觀地評價自己的研究成果和學術界既有的知識（學理、觀點等）。
很多期刊論文和學位論文的審查委員都是讀完導論就已經對論文的評價有了七、八成的看法。
尤其是在資料庫和研究方法的選擇、設計，以及將這些設計與選擇合理化的過程中，都很容易可以看出來作者自我批判（或者批判性思考）的能力和成熟度。
想要把數年的閱讀、思索與研究的成果精煉成數頁的期刊論文或數十頁（上百頁）的博碩士論文，這牽涉到作者從原始素材中「去蕪存菁」的能力。想要在有限的篇幅裡說清楚極為複雜的證據、思索與論證，這牽涉到「精準表達」的能力；想要用有限的篇幅去讓審查委員相信這份研究成果的價值，則牽涉到「以理服人」的功力。
因此，論文寫作的能力截然不同於「粉飾、渲染、包裝」，而是一項「去蕪存菁、精準表達、以理服人」的技藝，同時它也是涵養（提升）批判性思考最有效的手段（練習）。
結語
只有好的原創性發現並不足以構成一篇好的論文，你還必須要有能力將它表述成精練、清晰而足以服人的著作。這就必須仰賴「論文寫作」這一項技藝，將具有原創性的研究成果進行合宜的篩選、裁切（去蕪存菁）、組織、架構、敘述與論證。
它就像是日本握壽司的料理手法那樣，旨在「去除（壓抑）魚腥」（合理處理研究成果中的瑕疵，使它不致於過度減損原創性發現與論文的價值），並且凸顯原食材的滋味（凸顯原創性發現的意義、可信度與價值）。
註解
[註一] 所謂的「原創性」，就是要「把（學術界）既有知識的前緣往未知領域推進」。簡要地說，它包括以下幾種類型（依其對學術界的貢獻，由小而大地臚列）：（1）既有知識、觀點與學理的新穎應用（不會導致既有學理的修正或明顯地擴張其適用範圍，但是在細節上有所補充或擴張），（2）既有學理、觀點的擴張、修正或新穎發展（developlement），（3）既有學理、觀點的重大變革或局部地顛覆既有學理、與觀點（革命性的發現）。至於更完整的闡述，請參考《論文寫作完全求生手冊》的2.2 節「原創性與貢獻：學術界的『芝麻開門』」和《研究生完全求生手冊》的 14.2 節「論文的含金量——學術價值的衡量原則」。
就工學院而言，期刊與學術雜是兩種涇渭分明，它們刊載著特性迥異的學術文獻。譬如，人臉識別技術的著名刊物 IEEE Trans. Information Forensics and Security 在 2015年刊載了 "Face Spoof Detection with Image Distortion Analysis" 一文，後來該文因其原創性貢獻而獲頒 IEEE Signal Processing Society 的2020年度「Best Paper Award」。這是一篇經典的論文，而 IEEE Trans. Information Forensics and Security 則是專門發表原創性論文的「學術期刊」（journal）。
另一方面，人臉識別領域的著名學者 Rama Chellappa 也在 2010 年為 IEEE Computer Society 主辦的 Computer 撰寫一篇文章 "Face Recognition by Computers and Humans"，深入淺出地介紹電腦人臉識別與人類進行人臉識別時的異同、人臉識別的最新發展、技術瓶頸與未來展望。文中當然也有大師級的見識，然而終究不是以發表原創性發現為目的，所以只能算是「文章」（article），而非「論文」（paper）；同樣地，Computer 刊載的是「專業文章」而非「原創性論文」，所以它只能算是「學術雜誌」，而不是「學術期刊」。
[註二] 有些在大陸上頗具影響力的中文學術刊物不重視「學術期刊」與「專業雜誌」的分野，將兩者一起刊登，連帶地有些研究生也分不清楚其間的重大差異。
更有甚者，還有些大陸的學者不夠重視（或不重視）「將人類的知識邊界往前推」的西方學術傳統，也就沒有認真思索過「學術期刊」與「專業雜誌」的分野。譬如，北大社會系某學者的一篇「論文」〈作为文明研究的社会学〉，雖然有許多作者的個人想法，但是對於社會學界而言這些界解欠缺足夠的嚴謹性和明確的原創性發現，所以不適合稱為「論文」（paper）。此外，〈作为文明研究的社会学〉這篇文章，整整19頁的內容中，前三節主要是在回顧古典社會學三大家涂爾幹、馬克斯、韋伯的社會學理論，第四節是在回顧（頂多算是「評介」）中國社會科學界過去的一些研究（譬如费孝通的 《江村经济》和林耀华的 《金翼》）。然而這篇文章中對於社會學三大家的介紹，我讀起來遠不如法國思想家 Raymond Aron 寫的 《社會學主要思潮》，所以我看不出這篇文章對國際社會學界能有何原創性的貢獻，因而我會把它歸類為「文章」，而非「論文」。
[註三] 這些要求大致上對應著倫敦大學對博士論文的要求：（1）對於跟研究主題有關的學術界前緣知識可以有系統地進行瞭解（與吸收），對於研究中的問題保有批判性的警覺或新的洞見；（2）對於他們研究中所能應用的技術、方法或學術專業技能有完整的理解；（3）有能力以創新的方式應用學術界最前緣的既有知識，並且能從實用的觀點理解既有技術（方法、理論）是如何被用來創造和詮釋該學科領域的知識；（4）能從概念上理解該學科最先進的學術進展與進行中的研究，且有能力評估與批判各種研究方法，且在必要時提出新的假設。
更進一步的說明請參見《研究生完全求生手冊》第 2.1 節「學術著作的基本要件」 和《論文寫作完全求生手冊》的 2.1 節「為何而戰：博士論文與『好論文』的基本要件」。
