最近同性戀議題再度造成社會很大的激盪，但是很多贊成與反對的理由都欠缺事實的基礎。
本文旨在介紹一些關於同性戀的最新學術發現，以便討論相關議題的人可以有事實的根據。
1、關於同性戀的新舊遺傳理論
過去許多關於同性戀的爭辯基礎是建立在過時的遺傳科學知識上，尤其是DNA決定論的孿生子理論，其實是過時而錯誤的。
在舊的遺傳理論裡，DNA結構決定RNA結構，RNA結構又決定蛋白質結構，因此DAN決定人類一切的生理特徵。其中RNA 的單分子有四種：A, C, G和 U。遺傳訊息儲存在 DNA ，藉由「訊息 RNA」 （messenger RNA，簡稱mRNA），把這個訊息傳下去，製造出蛋白質。因此，同性戀如果是遺傳決定的，則同卵雙生子必定有一樣的性傾向，而不會有一個是同性戀，另一個是異性戀。
但事實並非如此，因為新的遺傳理論（表觀遺傳學，Epigenetics）遠比上述說法更複雜，使得相同的DNA可以表現出不同的遺傳特徵；譬如，同卵雙胞胎確實有可能一個在娘胎裡已經註定是同性戀，而另一個已經註定是異性戀。
傳統上講的DNA是染色體DNA，存在於細胞核內。現在發現細胞核外的粒腺體內也有DNA，稱為「粒腺體DNA」（mitochondrial DNA，縮寫mtDNA）。mtDNA共有37個基因，可用來製造13種蛋白質、22種tRNA與兩種rRNA。動物體內的粒線體DNA比染色體DNA容易突變。突變的粒線體DNA可以和染色體DNA共同作用，造成許多的疾病，如運動障礙或凱塞症候群。這個遺傳機制遠比傳統理論複雜，使得同卵雙生子可以有不同的生理特徵與遺傳疾病。
還有一個更複雜的遺傳機制，更足以凸顯新舊遺傳理論之差異，這是在研究多基因病（polygenic disease）時發現的。多基因病是由（一或多個）基因與（一或數種）環境因素共同作用產生的疾病，沒有遵守嚴格的孟德爾傳遞規律。哮喘、原發性高血壓、糖尿病以及某些先天畸形（唇裂、齶裂）等屬多基因遺傳病。
多基因病遺傳機制複雜，其環境因素的性質和參與的基因仍不清楚，需要深入的研究。在多基因遺傳病中，致病的若干對基因各有一份微小累加效應，這種微效基因愈多，性狀的表現愈明顯。這些微效基因對環境的影響敏感，可使疾病表現出一定幅度的變異。
假如同性戀的生理遺傳機制跟多基因病一樣複雜，具有男性性器官的人在大腦裡卻具有同性戀的性傾向，這絕非不可能。就像男人沒有明顯喉結與體毛，而女性卻長又粗又硬的腿毛、鬍鬚，一樣地不需要感到訝異。性徵與性傾向的遺傳機制遠比我們僵硬的思想還更複雜，需要感到訝異嗎？
想進一步了解新的遺傳理論，可以參考李政峰、阮麗蓉，《外基因體學：DNA序列外的調控新思維》；譚賢明，《當基因不再是命運的主導者–淺談表觀遺傳學研究》；黃培綺，《表觀遺傳學》；BBC知識，《表觀遺傳學，先天與後天的橋梁》，胡務亮，《遺傳疾病與基因篩檢》，以及《人類的遺傳疾病》。
2、同性戀的科學證據
首先，2001年德國洪堡大學Dörner教授的研究顯示：如果母體內賀爾蒙的濃度異常，將會改變胎兒成長後的性傾向與性別認同。而造成母體內賀爾蒙的濃度異常的因素主要有基因、DNA轉錄成RNA過程中的外遺傳機制、母親懷孕期間的異常壓力，以及DDT等物質。這項研究顯示：同性戀的遺傳機制有可能跟多基因病遺傳機制類似，既跟細胞核內外的多種 DNA、mtDNA 有關，還跟環境有關。
其次，美國國家衛生研究院（National Institutes of Health） 基因研究主任 Dean Hamer 的研究受到普遍的重視。1993年他發表研究說：同卵雙生、異卵雙生和領養的兄弟中同時為同性戀者的比例依序為：52% (29/56) 、22% (12/54) 、11% (6/57) ，高於一般人（4～5％）。上述研究結果被兩個美國的其他研究證實，加拿大的一項研究無法複製這結果，但學術界已普遍引用這項結果。Dean Hamer 的研究方法與結果仍有待進一步考察。不過，如果從多基因病遺傳機制的角度去詮釋，這些數據很可能意味著：同性戀者跟遺傳的關係相當密切，先天的遺傳因素所佔的重要性遠超過後天的文化因素。
較新的研究 "Evolutionary biology: Genetics and bisexuality" 發表在 Nature, 2007, Vol. 445, pp. 158-159。這篇文章有一個很結論：雖然還沒找到會導致同性戀的基因，但是已經有證據支持基因在參與控制性偏好，證據如下：（1）同卵孿生兄弟同時成為同性戀者的機率高於其他兄弟；（2）同性戀傾向較常來自於母系遺傳，因此很可能跟X染色體有關。本文同時假設出三種同性戀基因的傳播方式，並以數學模式推算出其散播模式，等待進一步的人口統計驗證。
此外，一份2006年的研究顯示：愈多長兄的男性成為同性戀的機率愈高，從平均的3%可以增長到5%的機率，而且遺傳機制很可能是跟母親有密切的關係（譬如基因與母胎環境互動的結果），因而再一度提供了同性戀跟生理遺傳相關的證據。
3、專業機構的態度
美國精神醫學會（AmericanPsychiatric Association）表示：（1）對於各種性傾向（同性戀、異性戀、雙性戀）的精確成因，科學家迄今沒有辦法達成共識。（2）雖然關於基因的作用、賀爾蒙的作用、成長過程、社會因素與文化因素都被研究過，仍沒有決定性的證據足以斷定性傾向是被特定因素所決定。（3）許多科學家認為基因和環境因素同時發生作用。（4）絕大多數人對自己的性傾向是沒有選擇能力，或極少感受到有選擇的可能。（5）同性戀與異性戀都屬人類正常經驗，不是精神疾病。
關於改變性傾向的理由、可能性與方法，美國精神醫學會進一步表示：（6）如果逆轉的理由是要逃避社會的非理性仇視或壓力，更加必須積極矯正的是這些非理性的偏見。（7）如果逆轉的理由是為了生育後代，有必要考慮當事人的意願。
關於國內少數基督教團體在推動的「矯正療法」或「補償療法 」（reparative therapy），美國精神醫學會表示：（1）沒有任何科學證據可以證明它是有療效的，（2）如果一個人尋求‘reparative therapy’ 是基於被污名化的壓力，‘Gay affirmative psychotherapy’ 可以協助他克服污名化的效應，而提升到較健康的心理層次。（3）美國精神醫學會已經在1998年12月公布他的立場，反對 ‘reparative’ or ‘conversion’ therapy，以及一切歧視同性戀性傾向的治療方法。
U. C. Davis 心理學教授 Gregory M. Herek 更在他的網頁上表示：（1）絕大多數（僅少數例外）有關「轉換性傾向」成功的案例都是發表在學術地位有問題的期刊上。（2）許多宣稱「轉換性傾向」成功的案例，實際上都只不過是成功地壓抑了（不去表現）對同性的性傾向，或者只是顯示出有能力跟異性性交而已，並沒有成功地證實已經改變其真正的性傾向。（3）這些案例經常只是成功地壓制了同性性行為，卻無法提高異性對同性戀者的性吸引力。
4、全球同性戀者的法律地位
法律代表的不只是一個社會的共識，也往往反應一個社會對事實的認知。從下圖你可以看出來：北歐和北美國家的同性戀婚姻基本上都已經合法化或具有準婚姻的法制地位了，基督教教會信仰力量較堅強的國家（美國大部分的州，以及東歐和南歐國家）在法律上不承認同性戀的法律地位，但也不予以懲罰；對同性戀的性行為處以各種成懲罰的國家，主要是非洲與阿拉伯世界的回教國家，以及印度。
因此，很清楚地可以看出來，今天激烈地反對同性戀的國家主要都是因為宗教原因，而且幾乎都是源自於舊約的教義（猶太教、天主教、基督教或新教，以及回教共同的信仰源頭）。對同性性行為反對最激烈（採取死刑、無期徒刑，或12以上有期徒刑）的幾乎都是回教國家。這主要是因為《古蘭經》與《先知聖訓》上有數句話傳統上都被解釋為反對（男性）同性性行為。印度教聖典有些條文可以被解讀為禁止同性性行為，但是也有些條文可以被解讀為接受同性性行為。（另請參看這裡）。
猶太人曾經因為舊約的摩西五經而對痲瘋病人有過殘酷的對待，後來是因為拿撒勒人耶穌帶頭示範，後世的天主教徒和基督教徒才開始爭先恐後地去服事痲瘋病人。今天天主教徒和基督教徒又因為舊約的緣故而對同性戀採取極端壓迫而且充滿敵意的態度，這到底會不會是違背基督的教訓？台灣基督長老教會在《同性戀議題研究方案報告書》裡的主張是：「聖經裡面提到同性性行為的一些經文，雖然常被用來譴責同性戀，今日聖經學者大都認為這種引用是錯誤或難以令人信服的詮釋。」至於這個主張能否被基督徒接受，就不是我所能置喙的了。
